A Arquidiocese de Palmas foi criada em 27 de março de 1996. Logo nos inícios dos trabalhos de evangelização na capital do mais novo Estado do Brasil, o Tocantins, iniciou-se também o trabalho de evangelização na região sudeste de Palmas, por meio da presença dos padres da Ordem dos Franciscanos e formou-se a comunidade que escolheu como seu padroeiro São João Batista, chamado o precursor de Jesus.

Com um terreno na Quadra ARSE 112, construiu-se uma pequena capela que pertenceu à Paróquia São José e depois à Paróquia São Luis Orione.

Com o desenvolvimento dessa região e com o nascer de outras comunidades no entorno, viu-se a necessidade de elevar aquela comunidade a uma Paróquia. Assim, em 01 de janeiro de 2007, por Decreto do 1º Arcebispo de Palmas, Dom Alberto Taveira Corrêa, criou-se a Paróquia São João Batista, abrangendo as Quadras da região sul de Palmas: 1102, 1104, 1106, 1112, 1202, 1204,1206, 1212, 1302, 1304, 1306, 1312, 1402, 1404, 1406, 1412, 1502, 1504 e 1506, com um total de 15,75km2.

Hoje, além da Igreja Matriz, situada na ARSE 112 (antiga 1.106 Sul), a paróquia conta com a Capela Imaculada Conceição na Quadra 1.204 Sul; a Capela Nossa Senhora Aparecida na  Quadra 1.304 Sul; a Capela São João Paulo II na Quadra 1.306 Sul e a Capela São Lourenço na Quadra 1.104 Sul, dentro do Centro de Amor Social Papa Francisco. Possui, ainda, uma Casa de Oração Nossa Senhora Rainha da Paz situada no Rodoshop e a Comunidade Nossa Senhora das Graças na Quadra 1.406 Sul.